U. C.0097时期，“拉普拉斯事变”的纷争终结后，2架独角兽高达被秘密封印，新吉翁残党“袖章”也随之瓦解。就在人类逐渐走出战争带来的阴影之时，失踪两年的独角兽三号机“凤凰”突然现身，拥有颠覆世界秩序力量的它即刻引发了地球联邦军、吉翁袖章残党以及路欧商会三方势力的争夺狩猎，一场宇宙对决也即将拉开帷幕......
暴风雨之夜，小羊羊咩（成宫宽贵 配音）和野狼卡滋（中村狮童 配音）意外的躲进了一间小木屋避雨。在漆黑的房间里，羊咩和卡滋看不清彼此，交谈甚欢并约好第二天一起午餐。相约见面时，羊咩和卡滋发现了彼此的身份，面对羊咩的天然和善良，卡滋强忍着把羊咩吃拆入腹的冲动，在羊咩面前努力做只好狼，二者迅速成为好朋友。 羊咩和卡滋成为好友的事被羊群和狼群发现。羊咩被族长赋予任务去探听狼群的消息才能重归羊群；而卡滋这边，狼族给了卡滋“将功赎罪”的机会去羊咩那探听羊群的消息。身怀心事的羊咩和卡滋再次相约河边见面。突如其来的暴雨和卡滋的相救让二者发现无法去欺瞒对方，相约跳入洪流中的羊咩和卡滋劫后余生，没有退路的他们决定翻阅雪山，前往能让狼和羊能和平共处的翡翠森林。在前往的路上遭遇了狼族的围追，他们能否成功翻越雪山躲过狼群，卡滋又能否克服吃羊的天性，一起到达梦想的翡翠森林呢？
鸣人（竹内顺子 配音）、小樱（中村千绘 配音）和鹿丸三人进入深山寻找走失的雪貂，在回来的路上，他们遭到全副武装的骑士团的袭击。在激烈的对抗中，鸣人和对方的白甲头目特穆金一同跌落悬崖，两人被刚巧路过的商队所救。一路上，两个对手慢慢开始了解，继而得知特穆金要建立一个没有战争和灾难的乌托邦，而鸣人具有的神奇力量正是他们所需要的。与此同时，鹿丸则和小樱目击到一个巨型堡垒，他们发现堡垒四周满是穿着铠甲的武士。鹿丸偷偷潜入侦查，看见一群被禁锢在容器中的小孩，并听到关于吉鲁遗产的谈话。这与特穆金之间究竟有什么样的关联？ 本片为《火影忍者》第二部剧场版动画。
